Στη φύση το γονιμοποιημένο ωάριο φτάνει στη μήτρα μέσω σάλπιγγας την 5η-6η ημέρα της ζωής του ως βλαστοκύστη, στη συνέχεια βγαίνει από τη ζώνη που το περιβάλλει (εκκολάπτεται) και ύστερα εμφυτεύεται στη μήτρα (ενδομήτριο). Τοποθετώντας το έμβρυο στη μήτρα στο στάδιο της βλαστοκύστης προσπαθούμε να μιμηθούμε τη φύση.
Αυτή η μέθοδος αποτελεί έναν εναλλακτικό τρόπο μεταφοράς εμβρύων κυρίως σε γυναίκες με πολλές αποτυχημένες προσπάθειες με τον κλασσικό τρόπο μεταφοράς εμβρύων 2ης ή 3ης ημέρας. Η εφαρμογή εναλλακτικών μεθόδων μεταφοράς αποσκοπεί στο να προσαρμόσει τη διαδικασία της τεχνητής γονιμοποίησης στα δεδομένα της φύσης, ούτως ώστε να επαυξήσει τα ποσοστά επιτυχίας. Το μοναδικό ίσως «μειονέκτημα» της μεθόδου είναι ότι δεν μεγαλώνουν όλα τα έμβρυα έως την 5η-6η μέρα, αλλά στατιστικά μόνο τα μισά. Εικάζεται, όμως, ότι τα άλλα μισά δεν θα μεγάλωναν ούτως ή άλλως ακόμη και εάν τοποθετούνταν εντός της μήτρας νωρίτερα.
Η διαδικασία της εμβρυομεταφοράς είναι η ίδια, ανεξάρτητα του ποιά μέρα θα γίνει. Τοποθετούνται 2-4 έμβρυα στον πυθμένα της μήτρας. Για τον αριθμό των εμβρύων που θα μεταφερθούν λαμβάνονται υπόψη ο συνολικός αριθμός γονιμοποιημένων ωαρίων, η ποιότητά τους, η ηλικία της γυναίκας, η άποψη του ζευγαριού για πιθανή πολύδυμη κύηση και ο νόμος 3305/2005 με τα ηλικιακά όρια που αυτός θέτει.
Σκόπιμο είναι να μεταφερθούν όσο το δυνατό λιγότερα σε αριθμό έμβρυα, χωρίς όμως να μειωθεί η πιθανότητα επιτυχίας της μεθόδου. Αυτό γίνεται για να αποφευχθούν, όσο το δυνατόν, οι πολύδυμες κυήσεις με τις πιθανές μαιευτικές και περιγεννητικές επιπλοκές που αυτές ενέχουν, αλλά και το συναισθηματικό, οικονομικό και οικογενειακό κόστος που επιφέρουν. Στην περίπτωση που υπάρχουν υπεράριθμα έμβρυα, αυτά μπορούν να διατηρηθούν σε κατάψυξη για τυχόν μελλοντική χρήση από το ζευγάρι. Μετά την εμβρυομεταφορά, η γυναίκα παραμένει κλινήρης για λίγα λεπτά, με τη σύσταση να αποφύγει την έντονη φυσική κόπωση για 2-3 ημέρες μετά την επιστροφή στο σπίτι της.
